L'organisation de l'ARS Rhône-Alpes est dite "matricielle", avec un fonctionnement en mode projets.
Une "direction de la stratégie et des projets" anime le réseau et la conduite des projets transversaux, impliquant l'ensemble des directions "métiers" au siège ou dans les délégations départementales.
En outre, le Directeur général anime une équipe collégiale, le Comité exécutif, et préside le Comité de direction qui rassemble l'ensemble des directeurs, directeurs délégués ainsi que les huit délégués départementaux.
Près de 765 collaborateurs composent l'agence régionale de santé Rhône-Alpes. La moitié se situe au siège à Lyon et l'autre moitié dans les délégations départementales. Ce sont des administratifs, des médecins, médecins inspecteurs, pharmaciens, pharmaciens inspecteurs, ingénieurs sanitaires, etc.
La plupart d'entre eux sont issus de l'Etat et de l'Assurance maladie.
La direction générale
Services rattachés à la direction générale
Stratégie et projet
La direction "Support"
Le secrétariat général regroupe :
Les directions "métiers"
L'ARS présente dans les 8 départements
L'ARS comporte une délégation par département.
La délégation du Rhône est intégrée au siège de l'agence.
Les délégations départementales constituent le réseau régional de l'agence et permettent l’ancrage de celle-ci dans les territoires.
Leurs missions sont proximité et animation territoriale.