L’ARS est un établissement public de l'Etat doté de l’autonomie administrative et financière. Elle est placée sous la tutelle des ministres chargés de la santé, de l'assurance maladie, des personnes âgées et des personnes handicapées.

Elle est dotée d'un conseil de surveillance présidé par le Préfet de région et elle est dirigée par un Directeur général qui est entouré d'une équipe rapprochée (directeur général adjoint, directeurs métier et directeur de la stratégie, secrétaire général, délégués départementaux, chef des services financiers, chefs de mission ou de services, etc.)

L'organisation garantit la transparence et la transversalité pour s’adapter aux enjeux de la santé. Les instances de l’ARS assurent la coordination des politiques de santé et la concertation avec les acteurs et les représentants des usagers.